קבוצת נשות הכותל הוקמה כתוצאה מאירוע מכונן: בנובמבר 1988, חודש כסלו התשמ"ט נערך בירושלים קונגרס בין-לאומי ראשון של פמיניסטיות יהודיות. ביום האחרון של הכנס, ביקשו כ-70 מנשות הקבוצה, בהובלת רבקה האוט לערוך "תפילת הודיה לשלום המדינה" בכותל המערבי, תפילה הכוללת קריאה בתורה. להאוט היה חשוב שהתפילה תתנהל בהתאם להלכה האורתודוקסית. התפילה התנהלה ללא בעיות, עד לרגע הקריאה בתורה, אז חרדיות וחרדים שהיו במקום ניסו לשבש את הקריאה בתורה על-ידי קללות, צרחות ואלימות פיזית.
טקס התפילה והקריאה בתורה לא הופסק על ידי הרב יהודה גץ ז"ל, ששימש אז בתפקיד רב הכותל. למעשה, אחת הנשים שעמדה במקרה לצדו של הרב שמעה אותו אומר לאשה שהתלוננה: "תנו להן להמשיך, הן לא פועלות בניגוד להלכה".
ההבנה שנשים לא יכולות להתפלל בחופשיות בכותל המערבי גרמה לקבוצת נשים ירושלמיות להחליט לעשות מעשה זה מנהג קבוע בכל ראש חודש וכעבור שמונה ימים, ראש חודש טבת התשמ"ט (9 בדצמבר 1988) הביאה עמה הקבוצה ספר תורה. משהחלו לקרוא בתורה בקול רם כשהן עטופות בטליתות החלה התפרעות אלימה מצד עזרת הגברים, עם יריקות, גידופים וחטיפת סר התורה מידיהן. אירוע זה הביא להתגבשות קבוצת 'נשות הכותל' והתגבשות ארגון-אם אמריקאי בשם 'הוועד הבין-לאומי למען נשות הכותל'. מטרת הארגון היא לאפשר תפילה חופשית לנשים בעזרת הנשים בכותל המערבי, תפילה בקול רם הכוללת התעטפות בטלית, הנחת תפילין וקריאה בספר התורה.
בעקבות אירוע ראש חודש טבת ולקראת ראש חודש אדר, פנו נשות הכותל למשטרה והודיעו על כוונתן להתפלל, אך גם הפעם ספגו קללות וגינויי אלימות מצד המתפללים בכותל. לקראת תפילת תענית אסתר התקיימה פגישה בין הממונה על הכותל דאז, הרב יהודה גץ, נציגי המשטרה וענת הופמן, נציגת נשות הכותל. הפשרה שהושגה היא כי הן תתפללנה בעזרת הנשים ללא טליתות וספר תורה כדי לא לתת לציבור האורתודוקסי עילה לאלימות נגדן. הרב גץ התחייב "לדאוג לשלומן ולקיום תפילתן" אך ללא הועיל. עצם כניסתן לעזרת הנשים עוררה זעם בקרב החרדים, שהחלו לקלל, לזרוק כיסאות, בקבוקים ומכל הבא ליד.המשטרה נאלצה לעצור את ההתפרעויות בעזרת גז מדמיע. כתוצאה מכך, החליט הרב גץ להרחיק את נשות הכותל בטענה שהן מפרות את הסדר הציבורי.
במאי 1989, לאחר עתירת הקבוצה לבג"צ יצא צו-על-תנאי המונע מנשים להתעטף בטלית ולקרוא בספר התורה, כך שלמשך שנים, הקריאה בתורה נערכה מחוץ לעזרת הנשים, לרוב בחצר מרים.
על מנת להוציא את תפילת נשות הכותל מחוץ לחוק, השר לענייני דתות פרסם תיקון לתקנות השמירה על המקומות הקדושים ליהודים. בתיקון הוספה תקנה2(א)(א1) לפיו בתחומי המקומות הקדושים: "לא ייערך טקס דתי שלא על פי מנהג המקום, הפוגע ברגשות ציבור המתפללים כלפי המקום". העונש על הפרת התקנה הוא 6 חודשי מאסר ו/או קנס. תקנה זו עדיין עומדת בתוקפה.
נכון להיום (2019) נשות הכותל מקיימות תפילה בכל ראש חודש, למעט שבת וראש השנה בעזרת הנשים בכותל המערבי. תפילה זו היא דרישה לשוויון בכותל המערבי.