ארגון נשות הכותל קם ב1988, לאחר שקבוצת נשים אשר הגיעה לעזרת הנשים בכותל המערבי בכוונה להתפלל עם ספר תורה נתקלה באלימות מילולית ופיזית.
מטרת הארגון היא לאפשר לנשים להתפלל בעזרת הנשים על-פי מנהגן, הכולל תפילה כקבוצת תפילה עם תפילין, טלית וקריאה בספר התורה.
לאורך שנות הארגון, נאסר על נשים להתפלל בחופשיות, אך בעוד שאת הטליתות והתפילין לרוב הצליחו להכניס פנימה, את הקריאה בספר התורה נאלצו להעביר מעזרת הנשים אל מחוץ למתחם הכותל, לרוב בחצר מרים, אולם משנת 2013, גם הקריאה בתורה נעשתה בעזרת הנשים.
ביולי 2010 נעצרה לראשונה ענת הופמן, יו"ר הארגון על כך שנשאה ספר תורה בכותל המערבי. העילה הרשמית למעצר הייתה הפרעה לקצין בעת מילוי תפקידו.
מעצר זה הוא המעצר התקשורתי הראשון בשורת מעצרים נגד נשים אשר נכנסו עם טליתות וספרי תורה לעזרת הנשים בכותל.
כחודש אחרי המעצר,4.8.2010 רב הכותל יצא עם תקנה חדשה הקובעת כי "לא יוכנס ספר תורה לרחבת הכותל לרבות הרחבה העליונה, אלא אם ניתן לכך אישור מאת רב הכותל המערבי..נמצא שהוכנס ספר תורה לרחבת הכותל תפעל המשטרה להוצאתו מן הרחבה".
וכך, על אף שבשנת 2013 שופט בית המשפט המחוזי, משה סובל קבע כי תפילת נשות הכותל הינה חלק ממנהג המקום בכותל והן אינן עוברות על החוק בתפילה על-פי מנהגן, עדיין נותרה סוגיית הקריאה בתורה. כאשר נערכת קריה בספר תורה, זה רק כאשר הצליחו הנשים להבריח, פשוטו כמשמעו, את הספר פנימה. בחודשים בהם סדרני הקרן למורשת הכותל הצליחו למנוע את הברחת הספר פנימה, הקריאה בתורה נעשית מתוך קלף.
ב29.11.2013 הוגשה עתירה לבג"ץ על-ידי שתי נשים המבקשות להורות לרב הכותל להתיר להן להשתמש בספרי התורה המצויים בעזרת הגברים, וכן ,לבטל את נוהל "הכנסת ספרי תורה לרחבת הכותל המערבי" שמכוחו נמנעת הכנסתם של ספרי תורה לרחבת הכותל (בג"ץ 8124/15 פרופ' מגנוס ואח' נ' הרב רבינוביץ, ואח').
במקביל, הוגשה על ידי אותן נשים תביעת נזיקין לבית המשפט השלום בירושלים מכוח חוק איסור הפליה במוצרים, בשירותים ובכניסה למקומות בידור ולמקומות ציבוריים, תשס"א-2000, בגין הפרת זכותן להכניס ספרי תורה לרחבת הנשים (ת"א 62763-11-15 פרופ' מגנוס ואח' נ' הרב רבינוביץ, ואח').
בשנת 2014 זכתה הנערה סשה לוט להיות הנערה הראשונה לחגוג בת מצווה בעזרת הנשים עם ספר תורה זעיר, בן 200 שנה, אחריה זכו נערות נוספות לעלות לתורה עם ספר תורה שהוגנב פנימה.
לאורך השנים נשות הכותל נחלו הצלחות רבות, אולם הקריאה בספר התורה עדיין אינה מתאפשרת בחופשיות וזהו עיקר המאבק היום.